خوش آمدید به CucurbitAgent

پلتفرم هوشمند نسل جدید برای پژوهش بر خانواده کدوئیان (Cucurbitaceae)، که مدل‌های زبانی بزرگ را با داده‌های چندآمیکسی یکپارچه می‌کند.

Cucurbit

درباره CucurbitAgent

گیاهان خانواده کدوئیان —هندوانه، خیار، طالبی، کدو حلوایی، کدو تلخ و گونه‌های مرتبط— از محصولات مهم در سراسر جهان هستند. مجموعه داده‌های ژنومی و پژوهش‌های منتشرشده اطلاعات ارزشمندی برای درک عملکرد ژن‌ها و بهبود صفات محصول فراهم می‌کنند. با این حال، این منابع در پایگاه‌های داده و قالب‌های گوناگون پراکنده‌اند و شناسه‌های ژن ممکن است بین نسخه‌های ژنوم متفاوت باشند. پژوهشگران اغلب باید به منابع متعددی مراجعه کنند تا یک ژن را با الگوهای بیان، واریانت‌های ژنتیکی، ساختار پیش‌بینی‌شده پروتئین و یافته‌های منتشرشده آن پیوند دهند.

CucurbitAgent که توسط مرکز تحقیقات سبزیجات پکن (BVRC) وابسته به آکادمی علوم کشاورزی و جنگل‌داری پکن (BAAFS) توسعه یافته، منابع چندآومیکسی از نه گونه کشت‌شده کدوئیان را گرد هم می‌آورد. این پلتفرم حاشیه‌نویسی ژن‌ها و همولوگ‌های نامزد، نگاشت شناسه ژن بین نسخه‌ها، واریانت‌های ژنتیکی طبیعی، پروفایل‌های بیان بافتی و روابط هم‌بیانی، ساختارهای پروتئینی پیش‌بینی‌شده با ESMFold، جایگاه‌های اتصال پیش‌بینی‌شده با GPSite و مجموعه‌ای گردآوری‌شده از مقالات را یکپارچه می‌کند.

کاربران می‌توانند با طرح پرسش‌ها به زبان طبیعی این منابع را کاوش کنند. یک عامل هوش مصنوعی گفت‌وگومحور ابزارهای مربوط را برمی‌گزیند، اطلاعات را از پایگاه‌های داده زیرین بازیابی می‌کند و نتایج را در پاسخ‌هایی پیونددار به سوابق منبع یکپارچه می‌سازد. پژوهشگران همچنین می‌توانند مستقیماً در ماژول‌های ژن، بیان، پروتئین و مقالات جست‌وجو کنند و منابع ژنومی موجود را دانلود کنند.

با اتصال این منابع مکمل شواهد، CucurbitAgent به پژوهشگران کمک می‌کند ژن‌های نامزد را بررسی کنند، الگوهای بیان را تفسیر کنند، واریانت‌ها را در بافت توالی و ساختاری‌شان بررسی کنند و فرضیه‌هایی برای مطالعات عملکردی و بهبود محصول تدوین کنند.

تازه‌ترین مقالات

(2026-11-02)
Superior Therapeutic Efficacy and Reduced Systemic Toxicity of a Cucurbit[7]uril-Camptothecin Supramolecular Complex in Colorectal Cancer.
Molecular pharmaceutics | 2026 Nov 2

The clinical application of camptothecin (CPT) is limited by poor solubility and severe toxicity. This study compares the therapeutic performance of a cucurbit[7]uril-based CPT complex (CB[7]-CPT) with free CPT and β-cyclodextrin-CPT (β-CD-CPT) in colorectal cancer models. In vitro, free CPT, β-CD-CPT, and CB[7]-CPT were tested on normal LO2 and cancerous HCT116 cells. CB[7] encapsulation reduced toxicity toward normal LO2 cells (IC50: 0.47 μM, ∼25-fold higher than the IC50 of free CPT) while improving potency against HCT116 cells (CB[7]-CPT IC50: 0.24 μM; free CPT IC50: 0.55 μM, ∼2-fold more potent than free CPT). The selectivity index improved from 0.034 (CPT) to 1.976 (CB[7]-CPT), indicating a wide safety margin. Apoptosis assays confirmed that CB[7]-CPT induced significantly greater apoptotic cell death at equivalent concentrations than either free CPT or β-CD-CPT. In HCT116 xenograft models, CB[7]-CPT achieved a tumor inhibition rate of 76%, markedly outperforming free CPT (46%) and β-CD-CPT (62%). This enhanced efficacy was accompanied by increased intratumoral apoptosis, reduced proliferation, and decreased microvessel density. Importantly, CB[7]-CPT markedly attenuated liver, kidney, and gastrointestinal toxicity typically associated with CPT exposure. Pharmacokinetically, CB[7]-CPT displayed a 1.94-fold higher AUC and a 1.59-fold prolonged elimination half-life relative to free CPT, reflecting extended circulation and improved systemic exposure. These findings collectively establish CB[7]-CPT as a highly effective and safer alternative not only to free CPT but also to conventional cyclodextrin-based formulations, demonstrating enhanced selectivity, robust pro-apoptotic activity, and a superior safety profile.

Effects of LD20 exposure to insecticides on the reproductive fitness of Zeugodacus cucurbitae (Diptera: Tephritidae).
Journal of economic entomology | 2026 Nov 2

The melon fly, Zeugodacus cucurbitae (Coquillett), is a major pest of cucurbitaceous fruits, and insecticides are widely used for its management. However, sometimes environmental factors may reduce insecticide deposits below lethal levels, and adult flies may receive only partial exposure during spraying, resulting in exposure to non-lethal doses. This study evaluated the reproductive fitness of Z. cucurbitae survivors following LD20 exposure to commercially available formulations of fipronil, spinosad, and malathion. Adult flies surviving topical LD20 treatment were assigned to 4 treatment combinations: (1) treated female and treated male (F+M+), (2) treated female and untreated male (F+M-), (3) untreated female and treated male (F-M+), and (4) untreated female and untreated male (F-M-). Malathion (0.18 μg/fly) exerted the most pronounced effects on Z. cucurbitae, significantly reducing mating frequency, progeny production, and adult longevity of treated flies, while increasing the proportion of malformed offspring. In contrast, fipronil (0.04 μg/fly) and spinosad (0.005 μg/fly) exhibited significant effects only when both sexes were treated. Notably, LD20 treatment with malathion enhanced the mating competitiveness of treated female flies, indicating a potential stimulatory effect. The findings suggest that LD20 of malathion had a significant impact on the reproductive fitness of melon flies, even when only 1 of the sexes was treated. In contrast, spinosad and fipronil produced adverse effects only when both sexes were treated, with minimal effects observed when only 1 sex was treated.

De novo creation of solid-placenta, few-seeded melon via targeted mutation of CmSLM/CmAGL11
Molecular Horticulture | 2026-11-01

🔗 منابع بیرونی

به ما استناد دهید

اگر این پلتفرم برای پژوهش شما سودمند بود، لطفاً به آن استناد کنید:

CucurbitAgent: An AI agent for exploring cucurbit multi-omics resources. Rong Zhang, Jian Zhang, Yuming Zhang, et al. bioRxiv 2026.10.09.758138; doi: https://doi.org/10.64898/2026.10.09.758138