Добро пожаловать в CucurbitAgent

Платформа нового поколения для исследований Cucurbitaceae, объединяющая большие языковые модели и мультиомиксные данные.

Cucurbit

О CucurbitAgent

Тыквенные культуры — арбуз, огурец, дыня, тыква, горькая дыня и родственные виды — являются важными сельскохозяйственными культурами во всём мире. Геномные наборы данных и опубликованные исследования предоставляют ценную информацию для понимания функций генов и улучшения признаков культур. Однако эти ресурсы рассредоточены по разным базам данных и форматам, а идентификаторы генов могут различаться между версиями геномов. Исследователям зачастую приходится обращаться к множеству источников, чтобы связать ген с его паттернами экспрессии, генетическими вариантами, предсказанной структурой белка и опубликованными результатами.

CucurbitAgent, разработанный Пекинским овощным исследовательским центром (BVRC) Пекинской академии сельского и лесного хозяйства (BAAFS), объединяет мультиомиксные ресурсы девяти культивируемых видов тыквенных. Платформа интегрирует аннотации генов и кандидатные гомологи, отображение идентификаторов генов между версиями, природные генетические варианты, профили тканевой экспрессии и коэкспрессионные связи, предсказанные ESMFold структуры белков, предсказанные GPSite сайты связывания, а также курируемую коллекцию литературы.

Пользователи могут изучать эти ресурсы, задавая вопросы на естественном языке. Разговорный ИИ-агент выбирает подходящие инструменты, извлекает информацию из баз данных и объединяет результаты в ответы со ссылками на исходные записи. Исследователи также могут напрямую использовать модули «Ген», «Экспрессия», «Белок» и «Литература» и скачивать доступные геномные ресурсы.

Объединяя эти взаимодополняющие источники данных, CucurbitAgent помогает исследователям изучать гены-кандидаты, интерпретировать паттерны экспрессии, рассматривать варианты в их последовательностном и структурном контексте и формировать гипотезы для функциональных исследований и улучшения культур.

Последние статьи

(2026-11-02)
Superior Therapeutic Efficacy and Reduced Systemic Toxicity of a Cucurbit[7]uril-Camptothecin Supramolecular Complex in Colorectal Cancer.
Molecular pharmaceutics | 2026 Nov 2

The clinical application of camptothecin (CPT) is limited by poor solubility and severe toxicity. This study compares the therapeutic performance of a cucurbit[7]uril-based CPT complex (CB[7]-CPT) with free CPT and β-cyclodextrin-CPT (β-CD-CPT) in colorectal cancer models. In vitro, free CPT, β-CD-CPT, and CB[7]-CPT were tested on normal LO2 and cancerous HCT116 cells. CB[7] encapsulation reduced toxicity toward normal LO2 cells (IC50: 0.47 μM, ∼25-fold higher than the IC50 of free CPT) while improving potency against HCT116 cells (CB[7]-CPT IC50: 0.24 μM; free CPT IC50: 0.55 μM, ∼2-fold more potent than free CPT). The selectivity index improved from 0.034 (CPT) to 1.976 (CB[7]-CPT), indicating a wide safety margin. Apoptosis assays confirmed that CB[7]-CPT induced significantly greater apoptotic cell death at equivalent concentrations than either free CPT or β-CD-CPT. In HCT116 xenograft models, CB[7]-CPT achieved a tumor inhibition rate of 76%, markedly outperforming free CPT (46%) and β-CD-CPT (62%). This enhanced efficacy was accompanied by increased intratumoral apoptosis, reduced proliferation, and decreased microvessel density. Importantly, CB[7]-CPT markedly attenuated liver, kidney, and gastrointestinal toxicity typically associated with CPT exposure. Pharmacokinetically, CB[7]-CPT displayed a 1.94-fold higher AUC and a 1.59-fold prolonged elimination half-life relative to free CPT, reflecting extended circulation and improved systemic exposure. These findings collectively establish CB[7]-CPT as a highly effective and safer alternative not only to free CPT but also to conventional cyclodextrin-based formulations, demonstrating enhanced selectivity, robust pro-apoptotic activity, and a superior safety profile.

Effects of LD20 exposure to insecticides on the reproductive fitness of Zeugodacus cucurbitae (Diptera: Tephritidae).
Journal of economic entomology | 2026 Nov 2

The melon fly, Zeugodacus cucurbitae (Coquillett), is a major pest of cucurbitaceous fruits, and insecticides are widely used for its management. However, sometimes environmental factors may reduce insecticide deposits below lethal levels, and adult flies may receive only partial exposure during spraying, resulting in exposure to non-lethal doses. This study evaluated the reproductive fitness of Z. cucurbitae survivors following LD20 exposure to commercially available formulations of fipronil, spinosad, and malathion. Adult flies surviving topical LD20 treatment were assigned to 4 treatment combinations: (1) treated female and treated male (F+M+), (2) treated female and untreated male (F+M-), (3) untreated female and treated male (F-M+), and (4) untreated female and untreated male (F-M-). Malathion (0.18 μg/fly) exerted the most pronounced effects on Z. cucurbitae, significantly reducing mating frequency, progeny production, and adult longevity of treated flies, while increasing the proportion of malformed offspring. In contrast, fipronil (0.04 μg/fly) and spinosad (0.005 μg/fly) exhibited significant effects only when both sexes were treated. Notably, LD20 treatment with malathion enhanced the mating competitiveness of treated female flies, indicating a potential stimulatory effect. The findings suggest that LD20 of malathion had a significant impact on the reproductive fitness of melon flies, even when only 1 of the sexes was treated. In contrast, spinosad and fipronil produced adverse effects only when both sexes were treated, with minimal effects observed when only 1 sex was treated.

De novo creation of solid-placenta, few-seeded melon via targeted mutation of CmSLM/CmAGL11
Molecular Horticulture | 2026-11-01

🔗 Внешние ресурсы

Цитирование

Если платформа оказалась полезной для вашего исследования, пожалуйста, цитируйте:

CucurbitAgent: An AI agent for exploring cucurbit multi-omics resources. Rong Zhang, Jian Zhang, Yuming Zhang, et al. bioRxiv 2026.10.09.758138; doi: https://doi.org/10.64898/2026.10.09.758138