Vítejte v CucurbitAgent

Nová generace platformy pro výzkum Cucurbitaceae, která spojuje velké jazykové modely a multiomická data.

Cucurbit

O CucurbitAgent

Tykvice —vodní meloun, okurka, meloun, dýně, hořká okurka a příbuzné plodiny— jsou důležitými plodinami po celém světě. Genomové datové sady a publikovaný výzkum poskytují cenné informace pro pochopení funkce genů a zlepšení znaků plodin. Tyto zdroje jsou však rozptýleny napříč databázemi a formáty a identifikátory genů se mohou lišit mezi verzemi genomů. Výzkumníci často musí konzultovat více zdrojů, aby propojili gen s jeho expresečními profily, genetickými variantami, predikovanou strukturou proteinu a publikovanými zjištěními.

Vyvinutý Pekingským zeleninovým výzkumným centrem (BVRC) Pekingské akademie zemědělských a lesnických věd (BAAFS) sdružuje CucurbitAgent multiomické zdroje devíti pěstovaných druhů tykvic. Platforma integruje anotace genů a kandidátní homology, mapování identifikátorů genů napříč verzemi, přirozené genetické varianty, tkáňové expreseční profily a koexpreseční vztahy, pomocí ESMFold predikované struktury proteinů, pomocí GPSite predikované vazebné místa a kurátorovaný korpus literatury.

Uživatelé mohou tyto zdroje zkoumat kladením otázek v přirozeném jazyce. Konverzační AI agent vybere relevantní nástroje, načte informace z podkladových databází a integruje výsledky do odpovědí spojených se zdrojovými záznamy. Výzkumníci mohou také přímo prohledávat moduly Gen, Exprese, Protein a Literatura a stahovat dostupné genomové zdroje.

Propojením těchto doplňujících se zdrojů důkazů pomáhá CucurbitAgent výzkumníkům zkoumat kandidátní geny, interpretovat expreseční profily, zkoumat varianty v jejich sekvenčním a strukturálním kontextu a formulovat hypotézy pro funkční studie a šlechtění plodin.

Nejnovější literatura

(2026-11-02)
Superior Therapeutic Efficacy and Reduced Systemic Toxicity of a Cucurbit[7]uril-Camptothecin Supramolecular Complex in Colorectal Cancer.
Molecular pharmaceutics | 2026 Nov 2

The clinical application of camptothecin (CPT) is limited by poor solubility and severe toxicity. This study compares the therapeutic performance of a cucurbit[7]uril-based CPT complex (CB[7]-CPT) with free CPT and β-cyclodextrin-CPT (β-CD-CPT) in colorectal cancer models. In vitro, free CPT, β-CD-CPT, and CB[7]-CPT were tested on normal LO2 and cancerous HCT116 cells. CB[7] encapsulation reduced toxicity toward normal LO2 cells (IC50: 0.47 μM, ∼25-fold higher than the IC50 of free CPT) while improving potency against HCT116 cells (CB[7]-CPT IC50: 0.24 μM; free CPT IC50: 0.55 μM, ∼2-fold more potent than free CPT). The selectivity index improved from 0.034 (CPT) to 1.976 (CB[7]-CPT), indicating a wide safety margin. Apoptosis assays confirmed that CB[7]-CPT induced significantly greater apoptotic cell death at equivalent concentrations than either free CPT or β-CD-CPT. In HCT116 xenograft models, CB[7]-CPT achieved a tumor inhibition rate of 76%, markedly outperforming free CPT (46%) and β-CD-CPT (62%). This enhanced efficacy was accompanied by increased intratumoral apoptosis, reduced proliferation, and decreased microvessel density. Importantly, CB[7]-CPT markedly attenuated liver, kidney, and gastrointestinal toxicity typically associated with CPT exposure. Pharmacokinetically, CB[7]-CPT displayed a 1.94-fold higher AUC and a 1.59-fold prolonged elimination half-life relative to free CPT, reflecting extended circulation and improved systemic exposure. These findings collectively establish CB[7]-CPT as a highly effective and safer alternative not only to free CPT but also to conventional cyclodextrin-based formulations, demonstrating enhanced selectivity, robust pro-apoptotic activity, and a superior safety profile.

Effects of LD20 exposure to insecticides on the reproductive fitness of Zeugodacus cucurbitae (Diptera: Tephritidae).
Journal of economic entomology | 2026 Nov 2

The melon fly, Zeugodacus cucurbitae (Coquillett), is a major pest of cucurbitaceous fruits, and insecticides are widely used for its management. However, sometimes environmental factors may reduce insecticide deposits below lethal levels, and adult flies may receive only partial exposure during spraying, resulting in exposure to non-lethal doses. This study evaluated the reproductive fitness of Z. cucurbitae survivors following LD20 exposure to commercially available formulations of fipronil, spinosad, and malathion. Adult flies surviving topical LD20 treatment were assigned to 4 treatment combinations: (1) treated female and treated male (F+M+), (2) treated female and untreated male (F+M-), (3) untreated female and treated male (F-M+), and (4) untreated female and untreated male (F-M-). Malathion (0.18 μg/fly) exerted the most pronounced effects on Z. cucurbitae, significantly reducing mating frequency, progeny production, and adult longevity of treated flies, while increasing the proportion of malformed offspring. In contrast, fipronil (0.04 μg/fly) and spinosad (0.005 μg/fly) exhibited significant effects only when both sexes were treated. Notably, LD20 treatment with malathion enhanced the mating competitiveness of treated female flies, indicating a potential stimulatory effect. The findings suggest that LD20 of malathion had a significant impact on the reproductive fitness of melon flies, even when only 1 of the sexes was treated. In contrast, spinosad and fipronil produced adverse effects only when both sexes were treated, with minimal effects observed when only 1 sex was treated.

De novo creation of solid-placenta, few-seeded melon via targeted mutation of CmSLM/CmAGL11
Molecular Horticulture | 2026-11-01

🔗 Externí zdroje

Citace

Pokud vám platforma pomohla ve výzkumu, citujte prosím:

CucurbitAgent: An AI agent for exploring cucurbit multi-omics resources. Rong Zhang, Jian Zhang, Yuming Zhang, et al. bioRxiv 2026.10.09.758138; doi: https://doi.org/10.64898/2026.10.09.758138